Перед началом обновления вам необходимо перевести сайт в "offline" режим путем замены index.php файла на статический.
Шаг 1: Обновите файлы CodeIgniter
Замените вес файлы и папки в каталоге “system”.
Примечание
Если в этих папках есть ваши файлы, то следует сделать их копии.
Обновление Codeigniter 3 с версии 2.2.0 до 2.2.1 на русском, Обновление Codeigniter3 с версии 2.2.0 до 2.2.1 на русском, CI на русском, CI 3 на русском, русская документация по CI, русская документация по CI 3,
Описание обновления CodeIgniter 3 с версии 2.2.0 до версии 2.2.1 на русском